Im Dreißigjährigen Krieg wurde 1636 die zahlungsunfähige Reichsstadt gezwungen, sechs Juden mit ihren Familien für 700 Gulden aufzunehmen. Eine Synagoge wird 1663 genannt, es wurden auch Beschneidungen auswärtiger Juden durchgeführt und eine Mikwe, ein rituelles Tauchbad für Frauen und Männer, war auch vorhanden. Schon bald nach dem Ende des Dreißigjährigen Kriegs sollten die Juden die Stadt wieder verlassen. Dennoch blieben drei oder vier Familien als Schutzverwandte. Die Familie Frommele etwa erreichte ein lebenslanges Schutzrecht in Dinkelsbühl und erlebte kaum Benachteiligungen. Die Handelsverbindungen mit auswärtigen Juden nahmen in dieser Zeit zu. Beispielsweise kamen 1680 aus 44 Orten insgesamt 301 jüdische Händler, darunter aus Schopfloch 78, Feuchtwangen 33, Wittelshofen 23, Oettingen 14 und Wassertrüdingen 8. Wiederholt ordneten kaiserliche Kommissionen an, die Juden auszubezahlen und aus der Stadt zu schaffen. Aber zum einen konnten weder die Bürger noch die Stadt ihre Schulden zurückzahlen, sie nahmen sogar neue Kredite auf. Zum anderen waren Bürgermeister und Räte selbst in Geldgeschäfte verwickelt. So verließ der letzte Jude die Stadt erst 1712. Die Zeit bis zum Reichsstadtende 1802 kennzeichnen Streitigkeiten wegen des Leib- oder Kopfzolls. Ihn mussten Juden am Tor bezahlen, um hausieren, Geldhandel treiben oder einkaufen zu dürfen. Die „eingekauften Juden“ der Nachbargemeinden konnten das mit einem günstigeren Jahresvertrag tun.

In der bayerischen Landstadt Dinkelsbühl erschwerten die von 1813 bis 1861 geltenden Judenmatrikel die Ansässigmachung, da zuvor keine Juden in der Stadt wohnten. Dennoch zog im Jahre 1853 Dr. Moritz Mannheimer aus Mönchsroth als Hospitalarzt zu. Er lebte hier bis 1861 mit seiner Frau und neun Kindern - als erste Familie der letzten Dinkelsbühler Judengemeinde, die 1938 endete. 1861 und 1862 folgten weitere Juden. Sie waren der israelitischen Kultusgemeinde Schopfloch zugeteilt, erst 1929 bildete sich eine selbstständige Gemeinde, amtlich bestätigt 1932. Bereits ab 1882 besaßen die Bürger mosaischen Glaubens einen Betsaal, später eine Synagoge im Haus des Seligmann Hamburger in der Klostergasse. Die höchste Anzahl mit 65 jüdischen Bürgern hatte Dinkelsbühl bei der Machtergreifung Hitlers 1933, schon ein Jahr später waren es nur noch 54. Die Juden waren bis zum Beginn der Naziherrschaft Mitglieder in Vereinen, hatten an der Kinderzeche teilgenommen, auch 1928 an der Tausendjahrfeier der Stadt. Geschürt durch die antsemitische Hetze im Dritten Reich nahm die Judenfeindlichkeit zu. In der Frühe des 9. und des 10. November 1938 (Reichspogromnacht) wurden sie persönlich gedemütigt, das Inventar und die Kultgegenstände der Synagoge auf der Straße verbrannt. Die in der Stadt noch wohnenden 18 Frauen und Männer verließen „unter dem Druck der Verhältnisse die Stadt“. Von den in Dinkelsbühl einst beheimateten israelitischen Bürgern wurden mehr als 25 Opfer der Shoa.